L’usage du DNA Computing

Le calcul de l’ADN consiste à effectuer des calculs à l’aide de molécules biologiques, au lieu de chips de pomme de terre au silicium classiques. L’idée que des molécules individuelles (ainsi que des atomes) pourraient être utilisées pour des temps de calcul jusqu’en 1959, lorsque le physicien américain Richard Feynman a présenté ses idées sur la nanotechnologie. Cependant, le traitement de l’ADN n’a été réellement reconnu qu’en 1994, lorsque l’informaticien américain Leonard Adleman a montré comment les molécules pouvaient être utilisées pour résoudre un problème informatique. Un calcul peut être considéré comme l’exécution de l’algorithme, qui à lui seul peut être considéré comme une liste étape par étape d’instructions correctement identifiées qui prend une certaine entrée, la traite et crée un résultat. Dans le traitement de l’ADN, l’information est symbolisée en utilisant l’alphabet héréditaire à quatre personnalités (A [adénine], G [guanine], C [cytosine] et T [thymine]), par opposition à l’alphabet binaire (1 et ) utilisé par les méthodes conventionnelles. des ordinateurs. C’est vraiment possible parce que de courtes molécules d’ADN de la série arbitraire peuvent être synthétisées pour acheter. L’entrée d’un algorithme est donc symbolisée (dans le cas le plus simple) par des substances d’ADN avec des séquences spécifiques, les instructions sont complétées par des procédures de laboratoire autour des molécules (comme les trier selon la longueur ou découper des brins qui contiennent une certaine sous-séquence), et le Le résultat est défini comme une propriété du dernier ensemble de substances (comme l’existence ou l’absence d’une séquence spécifique). Les essais d’Adleman comprenaient l’obtention d’un itinéraire à travers un système de « villes » (étiquetées « 1 » à « 7 ») reliées par des « routes » à sens unique. Le problème précise que le chemin doit commencer et finir dans des communautés particulières et visiter chaque ville une seule fois. (Ceci est connu des mathématiciens parce que le problème du chemin hamiltonien, un parent du problème bien mieux reconnu des vendeurs en vacances.) Adleman avait profité de la complémentarité Watson-Crick de l’ADN-A et T adhérant ensemble par paires, comme le font les mathématiciens. G et C (donc la série AGCT collerait parfaitement à TCGA). Il a conçu de brefs brins d’ADN pour signifier les villes et les routes de manière à ce que les brins de rue emprisonnent les brins de la ville ensemble, développant une série de villes qui symbolisaient des itinéraires (comme la vraie solution, qui s’est avérée être « 1234567 »). La plupart de ces séquences représentaient des réponses incorrectes au problème (« 12324 » parcourt une ville plus d’une fois et « 1234 » ne parvient pas à se rendre dans chaque ville), mais Adleman a utilisé suffisamment d’ADN pour être raisonnablement certain que la bonne solution sera symbolisée. dans son conteneur initial de brins. Le problème était alors d’extraire cette solution unique. Il a accompli cela en amplifiant initialement considérablement (en utilisant une méthode connue sous le nom de réponse en chaîne par polymérase [PCR]) uniquement les séries qui commençaient et se terminaient dans les bonnes communautés. Il a ensuite classé le groupe de brins par longueur (en utilisant une méthode appelée électrophorèse sur gel) pour s’assurer qu’il ne retenait que les brins de la bonne longueur. Enfin, il a utilisé à plusieurs reprises une «canne à pêche» moléculaire (filtrage par affinité) pour s’assurer que chaque ville à son tour était symbolisée dans la série de perspectives. Les brins avec lesquels Adleman restait avaient ensuite été séquencés pour révéler la solution au problème. Même si Adleman ne cherchait qu’à établir la faisabilité du traitement avec des substances, peu de temps après sa publication, son expérience a été présentée par certains comme le début d’un concours entre les ordinateurs dépendants de l’ADN et leurs alternatives au silicium. Certaines personnes pensaient que les systèmes informatiques moléculaires pourraient un jour résoudre les problèmes qui mettraient les appareils existants en difficulté, en raison de l’énorme parallélisme naturel de la biologie. Étant donné qu’une petite goutte d’eau peut contenir des milliards de brins d’ADN et que les opérations biologiques agissent sur chacun d’eux – efficacement – en parallèle (par opposition à un par un), il a été affirmé qu’un jour, les systèmes informatiques d’ADN pourraient représentent (et résolvent) des problèmes difficiles qui dépassent la portée des systèmes informatiques «normaux». Néanmoins, dans la plupart des problèmes difficiles, le nombre d’options réalisables se développe énormément avec la taille du problème (par exemple, le nombre de solutions peut doubler pour chaque ville supplémentaire). Ce qui signifie que même des problèmes relativement petits nécessiteraient des volumes d’ADN ingérables (de l’ordre de grandes baignoires) afin de signifier toutes les réponses possibles. L’expérience d’Adleman était importante car elle effectuait des calculs à petite échelle avec des substances biologiques. Mais surtout, il ouvrait la possibilité de réponses biochimiques directement programmées.